En la actualidad, alrededor del 80% del Shiitake que se produce en el mundo proviene de cultivo sobre troncos. Esta es una alternativa muy rentable para cultivar esta especie ya que no se necesita esterilización de los sustratos y, si se selecciona la cepa adecuada, las incubaciones suelen ser rápidas y con pocas contaminaciones. Sin embargo, la etapa limitante en este tipo de cultivo es la etapa de siembra o inoculación de los troncos.

Hasta hace poco tiempo en Chile sólo se utilizaba semillas sobre granos o propagadas en aserrín lo que obligaba a contratar abundante mano de obra para realizar las siembras ya que el llenado de las perforaciones con los inóculos era lenta y sucia a pesar de que algunos fungicultores utilizaban instrumentos para este fin. En la actualidad eso ya no es necesario ya que el uso de tarugos facilita enormemente estas labores, reduciendo los costos por mano de obra, los tiempos de siembra y las contaminaciones. A continuación entregamos una tabla comparativa entre los dos tipos de inóculos utilizados para sembrar troncos:

Siembra con semillas en granos Siembra con tarugos
1-Requiere a lo menos 4 a 5 personas para sembrar 3000 troncos en un mes 1-Requiere sólo dos personas para sembrar 3000 troncos en 8 días
2- Incubaciones relativamente lentas 2- Incubaciones más rápidas
3- Generalmente entre un 4 a 8% de los troncos se contaminan 3- Menos del 1% de los troncos se contaminan
4-Las semillas hay que sembrarlas rápidamente para que no pierdan su vigor 4- Los tarugos se pueden almacenar por mas de 5 meses sin que pierdan su vigor